Την περίοδο του 1600 έως και τον επόμενο αιώνα, τα νοικοκυριά φαίνεται να συνδυάζουν την αμπελοκαλλιέργεια με την καλλιέργεια δημητριακών, κηπευτικών και διαφόρων δένδρων. Κατά τον επόμενο αιώνα (1700 με 1800) υπάρχουν πλήθος μαρτυρίες, κυρίως περιηγητών, οι οποίοι καταγράφουν ως σημαντικότερη παραγωγική δραστηριότητα της Σάμου, την αμπελοκαλλιέργεια. Το μοσχάτο κρασί μετατρέπεται σε καθαρά εξαγώγιμο είδος, αφού προοριζόταν για πώληση στους Γάλλους εμπόρους της Σμύρνης.
Σύμφωνα με ιστορικές πηγές, η πρωτεύουσα του νησιού, η Σάμος, οφείλει την ανάπτυξή της στην οικονομική και εργασιακή δραστηριότητα που αναπτύχθηκε στην περιοχή του φυσικού λιμανιού «Βαθέος», εξαιτίας της εμπορίας και διακίνησης του κρασιού από τον 17ο αιώνα. Το Οθωμανικό κράτος, μετά το 1770, επιβάλει (μετά τον στρεμματικό φόρο και τη δεκάτη), νέο φόρο στο κρασί. Την περίοδο 1800 – 1850 συνεχίζεται η αύξηση της καλλιέργειας του αμπελιού καθώς και των άλλων εμπορεύσιμων καλλιεργειών. Το 1832 το νησί της Σάμου ανακηρύσσεται σε «Ηγεμονία» με Έλληνα Ηγεμόνα, διορισμένο από την Υψηλή Πύλη.
Η επόμενη περίοδος, 1850 – 1912, είναι πολυκύμαντη και τα γεγονότα της θα συνεχίσουν να επηρεάζουν ποικιλοτρόπως την αμπελοκαλλιέργεια. Η περίοδος αυτή προσδιορίζεται από μια δεκαετή σοβαρή κρίση στη γεωργική παραγωγή της Σάμου, η οποία ξεκίνησε με τον δριμύ χειμώνα του 1849 – 1850 που πάγωσε και κατέστρεψε αμπελώνες και δέντρα. Συνεχίστηκε με την εμφάνιση (μετά από ένα χρόνο) της ασθένειας, γνωστής ως ωίδιο (σιναπίδι ή ερεσίβη), η οποία κορυφώθηκε το 1854. Η κρίση φαίνεται να τελειώνει πέντε χρόνια μετά, εφόσον προηγουμένως άρχισε να εφαρμόζεται το θειάφι (1856) για την αντιμετώπιση της ασθένειας του αμπελιού αλλά και την προστασία των αμπελώνων.
Το 1870 κάνει την εμφάνιση του το έντομο της φυλλοξήρας στη Γαλλία το οποίο και καταστρέφει εκατομμύρια στρέμματα γαλλικών αμπελώνων. Αυτό οδηγεί σε αύξηση της ζήτησης των σαμιώτικων κρασιών, τα οποία σημειώνουν σημαντικότατη αύξηση πωλήσεων και τιμών το 1880, με ρεκόρ ακτοπλοϊκών συνδέσεων για το νησί της Σάμου! Οι οινοπαραγωγοί της Γαλλίας, λόγω του γνωστού προβλήματος της φυλλοξήρας, στράφηκαν στην εισαγωγή ολοένα και μεγαλύτερων ποσοτήτων σαμιακού οίνου. Το 1883 από συνολική παραγωγή 99.300 στατήρων, οι 62.000 εξήχθησαν στη Γαλλία.
Το 1888 ξεκινά μια νέα και ακόμη μεγαλύτερη κρίση στο σαμιακό οινικό χώρο. Η κρίση οφείλεται τόσο στις τιμές του κρασιού και της σταφίδας, που καταρρέουν στις διεθνείς αγορές, αλλά κυρίως στη ραγδαία εξάπλωση της φυλλοξήρας που οδηγεί σε καταστροφή των σαμιακών αμπελώνων. Το 1900 οι ελάχιστοι αμπελώνες που έχουν απομείνει στη Σάμο, τίθενται υπό τη φροντίδα της «Ηγεμονίας».
Σταδιακά, μετά την καταστροφή, ο Σαμιακός αμπελώνας αναφυτεύεται με την χρήση αμερικανικών υποκειμένων τα οποία ήταν ανθεκτικά στην ασθένεια. Με αυτά τα μοσχεύματα εμβολιάσθηκαν και όσα μοσχάτα είχαν διασωθεί. Σε αυτόν τον αμπελώνα, ο οποίος φτάνει ως τις μέρες μας, τα εμβολιασμένα πλέον κλήματα προσαρμόζονται ξανά στις ιδιαίτερες και πολύμορφες εδαφοκλιματικές συνθήκες του νησιού. Ο συνδυασμός αυτός δίνει τον ιδιαίτερο και πολυδύναμο χαρακτήρα του «άσπρου μικρόρωγου μοσχάτου Σάμου» που γνωρίζουμε μέχρι και σήμερα.
