Ο ΕΟΣΣ ιδρύθηκε το 1934 με την ψήφιση του Νόμου 6085 ύστερα από κινητοποίηση των αμπελουργών της Σάμου με στόχο να εξασφαλίσει τον πλήρη έλεγχο της οινοποίησης των μοσχάτων σταφυλιών της Σάμου και της διακίνησης των κρασιών του, χωρίς τη μεσολάβηση των κρασεμπόρων της εποχής εκείνης.
Η «άρση αναγκαστικότητας» της Ένωσης Οινοποιητικών Αγροτικών Συνεταιρισμών Σάμου επιβλήθηκε από την Κοινή Υπουργική Απόφαση 902/51563/27-04-2016. Σύμφωνα με αυτήν, η Ένωση μετατρέπηκε σε Πρωτοβάθμια Οργάνωση και μετονομάστηκε σε «Ενιαίο Οινοποιητικό Αγροτικό Συνεταιρισμό Σάμου». Αυτό σημαίνει ότι μέλη της ΕΟΣΣ δεν είναι πλέον οι 24 πρωτοβάθμιοι συνεταιρισμοί αλλά οι 2.200 περίπου αμπελοκαλλιεργητές της Σάμου. Η απόφαση αυτή επέφερε αλλαγές τόσο στη δομή όσο και στη λειτουργία της ΕΟΣΣ. Τα φυσικά μέλη (αμπελουργοί) δεν ήταν αναγκασμένα να συμμετέχουν στο νέο Συνεταιρισμό, αλλά μπορούσαν να επιλέξουν άλλες λύσεις εμπορίας της παραγωγής τους.
Από την άλλη, οι νέοι αμπελουργοί δεν γίνονταν αυτομάτως μέλη του Συνεταιρισμού (όπως συνέβαινε έως τότε) αλλά υποβάλουν αίτηση εισδοχής η οποία εξετάζεται από τον ΕΟΣ Σάμου και η αποδοχή της ή όχι, εναπόκειται στη θέληση των μελών του Συνεταιρισμού όπως αυτή εκφράζεται μέσα από το Δ.Σ. και τη Γενική Συνέλευση.
Κατά την δημιουργία του Ενιαίου Οινοποιητικού Αγροτικού Συνεταιρισμού Σάμου όλα τα εν ενεργεία έως τότε μέλη των πρωτοβάθμιων συνεταιρισμών θεωρήθηκαν αυτομάτως μέλη και του νέου συνεταιρισμού, με εξαίρεση εκείνους που ζήτησαν με αίτηση τη διαγραφή τους. Ο παραγωγός που έχει επιλέξει να συμμετέχει -με βάση το ψηφισθέν καταστατικό- έχει υποχρέωση να παραδίδει στο Συνεταιρισμό το σύνολο της παραγωγής του με εξαίρεση ένα μικρό μέρος, για ιδιοκατανάλωση. Εξαίρεση προβλέπεται και σε κάποιες περιπτώσεις αδειοδοτημένης οικοτεχνίας. Ο Συνεταιρισμός από την πλευρά του έχει υποχρέωση να παραλαμβάνει το σύνολο της παραγωγής των μελών του. Η δέσμευση του παραγωγού κατά την είσοδο του ισχύει για 6 έτη με μόνη εξαίρεση λόγους ανωτέρας βίας. Σε περιπτώσεις διαγραφής, ο παραγωγός δεν έχει δικαίωμα αίτησης επανένταξης, πριν παρέλθει τριετία.
Από την άλλη, με την άρση της «Αναγκαστικότητας» και την αλλαγή του μέχρι τώρα καθεστώς απελευθερώθηκε η οινοποίηση και η εμπορεία του Σαμιώτικου κρασιού. Η ιστορική αυτή απόφαση έδωσε τη δυνατότητα σε κάθε Σαμιώτη να μπορεί να παράγει, να οινοποιεί και να εμπορεύεται το δικό του κρασί.
Ως αποτέλεσμα ιδρύθηκαν πολλά ιδιωτικά υπερσύγχρονα οινοποιεία στη Σάμο, τα οποία ανέδειξαν με μοναδικό τρόπο τον Σαμιώτικο αμπελώνα στοχεύοντας σε υψηλής ποιότητας και αισθητικής κρασιά, συνδυάζοντας την τεχνολογία και την τεχνογνωσία με τον παραδοσιακή προσέγγιση του κρασιού. Ταυτόχρονα, όμως, συνέβαλλαν σημαντικά στην αναγνώριση και διαφήμιση του σαμιώτικου κρασιού στην τοπική και διεθνή οιναγορά. Μέχρι τώρα δραστηριοποιούνται στη Σάμο 7 οινοπαραγωγοί και είναι πολύ πιθανόν στο μέλλον να υπάρξουν και άλλοι.