Die Ernte des Samischen Muskatellerweins ist nach wie vor die wichtigste Tätigkeit in der landwirtschaftlichen Produktion der Insel. Den Erfahrungsberichten der Winzer zufolge war (und ist) die Ernte ein mehrtägiges Sommerfest auf der ganzen Insel. Die einzigen Elemente, die sich bei der Ernte des samischen Muskatellers geändert haben, sind:

• Das Transportmittel: Aus den Eseln wurden landwirtschaftliche Fahrzeuge. Die Kofines und Kofes wurden teilweise durch Kisten ersetzt, als Schneidwerkzeug wird jedoch immer noch das „Katsouni“ verwendet.
• Anstelle der Traubentanks, in denen die Trauben zur Abholung gesammelt wurden, wird die Produktion heute von den Winzern zu den Kellereien gebracht.

Die Winzer auf Samos folgen der Tradition ihrer Väter und Großväter bei der Weinernte, einer Handarbeit im Freien, die im August beginnt und bis Ende September dauert.

Dies ist auf die geophysikalischen Eigenschaften von Samos zurückzuführen, da die Weinberge im Tiefland beginnen und sich am Bergmassiv Karvounis bis auf 1.100 Meter über dem Meeresspiegel erheben. Die Parzellen sind klein und die Weinberge auf den Grundstücken der Winzer sind verstreut. Dies macht den Erntevorgang zu einem mühsamen (und teuren) Vorhaben.