Ο Μητροπολιτικός ναός του Αγίου Νικολάου στην πρωτεύουσα της Σάμου είναι η μητροπολιτική εκκλησία της πόλεως και ο Άγιος Νικόλαος θεωρείται ο πολιούχος. Η πρόσβαση στο ναό γίνεται μέσω της κάθετης οδού στην παραλιακή λεωφόρο της Σάμου, 25^ης Μαρτίου, είτε από την κεντρική πλατεία Θεμ. Σοφούλη μέσω της ομώνυμης οδού (Αγ. Νικολάου).

Ο ιστορικός αυτός ναός ανεγέρθηκε στα μέσα περίπου του 19ου αιώνα στη θέση ομώνυμου εξωκλησιού, το οποίο χρονολογείτο από το 1779  και ήταν μετόχι της Ιεράς Μονής Αγίας Ζώνης Βλαμαρής Σάμου. Είναι τρίκλιτη βασιλική με τρούλο. Ανακαινίσθηκε το 1857 και εξωτερικά κοσμείται με καλαίσθητο μαρμάρινο κωδωνοστάσιο. Στο εσωτερικό του ξεχωρίζει το μαρμάρινο τέμπλο του ιερού, το οποίο φιλοτέχνησε ο μαρμαρογλύπτης Νικόλαος Περάκης από την Τήνο, καθώς και ο ξυλόγλυπτος και επιχρυσωμένος αρχιερατικός θρόνος και άμβωνας. Η εφέστιος εικόνα του αγίου αποτελεί δώρο του εκ Χώρας Σάμου Πατριάρχη Ιεροσολύμων Κυρίλλου Β’ από το έτος 1858.

Η εορτή του πολιούχου στις 6 Δεκέμβρη, αποτελεί επίσημη τοπική θρησκευτική εορτή, η οποία εορτάζεται με δοξολογία και λιτανεία.

Μητρόπολη Σάμου, Ναός Αγ. Νικόλαου