Το λιμάνι του Μαλαγαρίου στη Σάμο βρίσκεται στον δυτικό μυχό του μεγάλου βορειοανατολικού φυσικού κόλπου Βαθέος. Χαρακτηρίζεται ως εμπορικός λιμένας καθώς εκεί προσεγγίζουν  πλέον τα πλοία της γραμμής σύνδεσης της Σάμου με την ηπειρωτική Ελλάδα καθώς και τα εμπορευματικά. Το παλαιό λιμάνι, που ξεκίνησε να διαμορφώνεται κατά την  περίοδο της Ηγεμονίας με επιχωματώσεις στο ανατολικό μέρος του κόλπου, χρησιμοποιείται την τελευταία δεκαετία μόνο για συνδέσεις με την Τουρκία.

Σημείο Φόρτωσης Κρασιού για τη Γαλλία – Περιοχή Μαλαγάρι

Λίγο πριν το σημερινό λιμάνι Μαλαγαρίου, ακριβώς απέναντι από τις Οινοποιητικές Εγκαταστάσεις του Συνεταιρισμού, έριχναν άγκυρα τα πλοία μεταφοράς σαμιακού οίνου για την αγορά της Γαλλίας, καθώς δεν υπήρχε άλλος τρόπος ελλιμενισμού τους εκεί. Η μεταφορά σαμιακού οίνου γινόταν τα παλαιότερα χρόνια με ξύλινα βαρέλια που τα μετέφεραν βάρκες μέχρι τα πλοία, είτε με απευθείας σύνδεση με ειδικούς σωλήνες που από τις δεξαμενές του Συνεταιρισμού, φόρτωναν το σαμιώτικο κρασί bulk στα πλοία.